La Subdirección de Fomento y Gestión Patrimonial nace a mediados del año 2015 bajo el nombre de Subdirección Nacional de Gestión Patrimonial, con el fin de aglutinar bajo una misma dirección a todas aquellas unidades de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam), que tuviesen un carácter transversal y cuyas labores estuvieran asociadas a la gestión del patrimonio.
Desde distintas instituciones de la Dibam, se transfirieron centros, áreas y programas a esta nueva Subdirección, la cual fue conformada por: Centro Nacional de Conservación y Restauración; la Mesa de Tráfico Ilícito de Bienes Patrimoniales; Memorias del Siglo XX; Centro de Documentación de Bienes Patrimoniales; Centro de Patrimonio Inmaterial; y Centro Nacional de Sitios de Patrimonio Mundial.
Una nueva institucionalidad se instaura el año 2018 y la Dibam deja de existir para dar paso al Servicio Nacional del Patrimonio Cultural (Serpat), según establece la Ley N° 21.045. En este contexto, se producen cambios en sus unidades: la partida de Memorias del Siglo XX para formar parte del Archivo Nacional; la transformación del Centro de Patrimonio Inmaterial en la Subdirección Nacional de Patrimonio Cultural Inmaterial; y el traslado del Centro Nacional de Conservación y Restauración a la Subdirección de Museos.
Además, se conforma una nueva unidad encargada de gestionar el recién estrenado Fondo del Patrimonio Cultural, que el año 2021 se denominará Unidad de Fomento del Patrimonio.
El año 2023 se traslada la Mesa de Tráfico Ilícito de Bienes Patrimoniales y el año siguiente llega el Fondo de Fortalecimiento para Organizaciones Patrimoniales a sumarse a la Unidad de Fomento del Patrimonio.
En la actualidad, la Subdirección de Fomento y Gestión Patrimonial está compuesta por la Unidad de Fomento del Patrimonio, la Unidad de Difusión y Educación Patrimonial, el Centro Nacional de Sitios de Patrimonio Mundial, y el Centro de Documentación de Bienes Patrimoniales.